Decyzją z 3 kwietnia 1940 r. NKWD zaczęło likwidować obozy w Kozielsku, Starobielsku i Ostaszkowie. W ciągu następnych sześciu tygodni rozstrzelano 14 587 polskich jeńców. Na tej samej podstawie zamordowano również około 7 300 Polaków przetrzymywanych przez NKWD w więzieniach na obszarze przedwojennych wschodnich województw.

   Po napaści sowieckiej na Polskę 17 września 1939 r. Sowieci wzięli do niewoli 240-250 tys. polskich jeńców, w tym ponad 10 tys. oficerów.Już 19 września 1939 r. Ławrientij Beria powołał Zarząd do Spraw Jeńców Wojennych i Internowanych przy NKWD oraz nakazał utworzenie sieci obozów.W października 1939 r. zdecydowano o utworzeniu dwóch "obozów oficerskich" w Starobielsku i Kozielsku oraz obozu w Ostaszkowie, przeznaczonego dla funkcjonariuszy policji, KOP i więziennictwa.

   Pod koniec lutego 1940 r. w tych obozach więziono 6 192 policjantów i funkcjonariuszy wyżej wymienionych służb oraz 8 376 oficerów, w tym oficerów rezerwy. Byli wśród nich - lekarze, prawnicy, nauczyciele szkolni i akademiccy, inżynierowie, literaci, dziennikarze, działacze polityczni, urzędnicy państwowi i samorządowi, ziemianie. Obok nich w obozach znaleźli się również kapelani katoliccy, prawosławni, protestanccy oraz wyznania mojżeszowego.

   Decyzję o wymordowaniu polskich jeńców wojennych z obozów w Kozielsku, Starobielsku i Ostaszkowie oraz Polaków przetrzymywanych w więzieniach NKWD na obszarze przedwojennych wschodnich województw Rzeczypospolitej podjęto na najwyższym szczeblu sowieckich władz.

   5 marca 1940 r. Biuro Polityczne KC WKP(b) ludowy komisarz spraw wewnętrznych, Ławrientij Beria skierował do Stalina pismo, w którym stwierdził, że wszyscy wymienieni Polacy "są zatwardziałymi, nierokującymi poprawy wrogami władzy sowieckiej", wnioskował o rozpatrzenie ich spraw w trybie specjalnym, "z zastosowaniem wobec nich najwyższego wymiaru kary - rozstrzelanie". Dodawał, że sprawy należy rozpatrzyć bez wzywania aresztowanych i bez przedstawiania zarzutów, decyzji o zakończeniu śledztwa i aktu oskarżenia.

   Formalnie wyroki miały być wydawane przez Kolegium Specjalne NKWD, w składzie: Iwan Basztakow, Bogdan Kobułow i Wsiewołod Mierkułow. Powyższe wnioski przedstawione przez Berię zostały w całości przyjęte, a na jego piśmie znalazły się aprobujące podpisy Stalina - sekretarza generalnego WKP(b), Klimenta Woroszyłowa - marszałka Związku Sowieckiego i komisarza obrony, Wiaczesława Mołotowa - przew. Rady Komisarzy Ludowych, komisarza spraw zagranicznych i Anastasa Mikojana - wiceprzew. Rady Komisarzy Ludowych i komisarza handlu zagranicznego, a także ręczna notatka: "Kalinin - za, Kaganowicz - za". (Michaił Kalinin - przew. Prezydium Rady Najwyższej ZSRS - teoretycznie głowa państwa sowieckiego; Łazar Kaganowicz - wiceprzew. Rady Komisarzy Ludowych i komisarz transportu i przemysłu naftowego).

    3 kwietnia 1940 r. rozpoczęto likwidację obozu w Kozielsku, a dwa dni później obozów w Starobielsku i Ostaszkowie. Przez następnych sześć tygodni Polacy wywożeni byli z obozów grupami do miejsc kaźni.

   Z Kozielska 4 404 osób przewieziono do Katynia i zamordowano strzałami w tył głowy. 3 896 jeńców ze Starobielska zabito w pomieszczeniach NKWD w Charkowie, a ich ciała pogrzebano na przedmieściach miasta w Piatichatkach. 6 287 osób z Ostaszkowa rozstrzelano w gmachu NKWD w Kalininie, obecnie Twer, a pochowano w miejscowości Miednoje. Łącznie zamordowano 14 587 osób.

   Na mocy decyzji z 5 marca 1940 r. wymordowano również około 7 300 Polaków przebywających w różnych więzieniach na terenach włączonych do Związku Sowieckiego: na Ukrainie rozstrzelano 3 405 osób (ich groby prawdopodobnie znajdują się w Bykowni pod Kijowem), a na Białorusi 3 880 (pochowanych prawdopodobnie w Kuropatach pod Mińskiem). Większość z nich stanowili aresztowani działacze konspiracyjnych organizacji, oficerowie nie zmobilizowani we wrześniu 1939 r., urzędnicy państwowi i samorządowi oraz "element społecznie niebezpieczny" z punktu widzenia władz sowieckich.

   Spośród jeńców z Kozielska, Starobielska i Ostaszkowa ocalała grupa 448 osób (według innych źródeł 395). Byli to ci, których przewieziono do utworzonego przez NKWD obozu przejściowego w Pawliszczew Borze, a następnie przetransportowano do Griazowca.

   W nocy z 12 na 13 kwietnia 1940 r., a więc w czasie kiedy NKWD mordowało polskich jeńców i więźniów, ich rodziny stały się ofiarami masowej deportacji w głąb ZSRS przeprowadzonej przez władze sowieckie. Decyzję o jej zorganizowaniu Rada Komisarzy Ludowych podjęła 2 marca 1940 r. Według danych NKWD w czasie dokonanej wówczas wywózki zesłano łącznie około 61 tys. osób, głównie do Kazachstanu.

   Informację o odkryciu masowych grobów w Katyniu Niemcy podali 13 kwietnia 1943 r. (to dziś symboliczna rocznica zbrodni).

   17 kwietnia 1943 r. strona polska złożyła w tej sprawie oficjalną notę w Genewie, dowiadując się jednocześnie, iż wcześniej również Niemcy zwrócili się do MCK o wszczęcie dochodzenia., na co Moskwa bardzo ostro zareagowała.

   21 kwietnia 1943 r. Stalin wysłał tajne i jednobrzmiące depesze do prezydenta Roosevelta i premiera Churchilla, w których zarzucał rządowi gen. Sikorskiego prowadzenie w zmowie z Hitlerem wrogiej kampanii przeciwko Związkowi Sowieckiemu. To było pretekstem do formalnego zerwania stosunków dyplomatycznych z polskim rządem na uchodźstwie- z 25 na 26 kwietnia 1943 r. Był to pierwszy krok ZSRR w kierunku stworzenia własnej marionetkowej ekipy do rządzenia Polską.

   W sprawie katyńskiej Polacy nie uzyskali niestety wsparcia ze strony przywódców mocarstw zachodnich, którzy w imię trwałości sojuszu ze Stalinem, okazywali mu pomoc w ukrywaniu prawdy o tej zbrodni.

   Po zajęciu Smoleńska pod koniec września 1943 r. przez Armię Czerwoną władze sowieckie powołały specjalną komisję do zbadania sprawy Katynia. 24 stycznia 1944 r., po ekshumacji 925 odpowiednio spreparowanych ciał polskich oficerów, wspomniana komisja ogłosiła, że zbrodni na Polakach dokonali Niemcy między wrześniem a grudniem 1941 r.

   W 1945 r. w trakcie procesu zbrodniarzy nazistowskich w Norymberdze Sowieci wprowadzili do aktu oskarżenia zarzut odpowiedzialności za zbrodnię katyńską. Trybunał norymberski w wydanym w 1946 r. wyroku pominął jednak sprawę zamordowania polskich oficerów z powodu braku dowodów.

   Przez całe lata propaganda sowiecka i peerelowska twierdziły, że sprawcami zbrodni katyńskiej byli hitlerowcy.

   Do 1956 r. władze PRL mówiły o "perfidnej niemieckiej prowokacji w Katyniu". Potem samo słowo Katyń zniknęło całkowicie - przez lata cenzura wykreślała je z każdej publikacji.

   Związek Sowiecki do zbrodni katyńskiej przyznał się dopiero 13 kwietnia 1990 r. Wówczas to w komunikacie rządowej agencji TASS oficjalnie potwierdzono, że polscy jeńcy wojenni zostali rozstrzelani wiosną 1940 r. przez NKWD. Jako winnych wskazano wówczas komisarza NKWD Ławrientija Berię i jego zastępcę Wsiewołoda Mierkułowa. Strona sowiecka wyraziła głębokie ubolewanie w związku z tragedią katyńską, nazywając ją "jedną z cięższych zbrodni stalinizmu".

   Do tej pory nie ustalono nazwisk wszystkich ofiar. Nie odnaleziono dotychczas także listy więźniów zamordowanych na Białorusi (tzw. białoruska lista katyńska). Nie znamy również dokładnej liczby rozstrzelanych oraz dat śmierci i wszystkich miejsc pochówku osób straconych na mocy decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940 r.

   Strona polska nadal oczekuje na pełną rehabilitację ofiar oraz na ustalenie i opublikowanie nazwisk inicjatorów i wykonawców zbrodni.

   W 2006 r. Rodziny Katyńskie podjęły decyzję o skierowaniu do Trybunału Praw Człowieka w Strasburgu skarg przeciwko Federacji Rosyjskiej. Ich przedmiotem było postanowienie Głównej Prokuratury Wojskowej o umorzeniu śledztwa w sprawie mordu polskich oficerów w Katyniu oraz o zakwalifikowaniu tej zbrodni jako ulegającej przedawnieniu.